那一年的年初，鄭成功才帶著一干軍民來到臺灣，並將十九歲的長子鄭經留在思明州（今中國廈門）鎮守。
不久後，鄭成功接到鄭經的長子出生的消息。
鄭經，亦名「鄭錦」，他被追隨者以閩南語稱為「錦舍」，也就是「錦少爺」的意思。年輕的錦少爺初為人父，相當喜悅。但他的父親鄭成功，卻是不太高興。鄭經的部下，也憂心此事將掀起波瀾。
鄭成功的苦惱
鄭成功怎麼了？他不是「趕走」了荷蘭人，應該正威風凜凜的展開「建設臺灣」的大業嗎？
事實上，後世人們盛傳鄭成功「攻克臺灣」一事，並非一朝一夕的事，而且存在著血腥的波折。自一六六一年四月底率軍駛入台江，五月初接手普羅民遮城（今臺南赤崁樓）並將它改名為「東都明京」之後，鄭成功和他的部隊便和留在大員熱蘭遮城（今臺南安平古堡）的荷蘭人展開為期約九個月的僵持；圍城與守城，對雙方來說都不輕鬆，對峙期間，鄭成功甚至殺害了大多數的俘虜。
同時，堅持要拿下荷蘭人根據地的做法，也讓不少和他一起打拚的夥伴感到不諒解︰為什麼非要打大員不可？忙著打大員，難道不「反清復明」了嗎？於是，部將抗命、兵士脫逃，大小齟齬層出。
就是在此時，鄭成功又接獲一連串從中國傳來的壞消息︰其父鄭芝龍和家眷十餘人在遙遠而寒冷的北方被清朝政府處死、姻親投降清朝、南明的永曆皇帝被害……等等。
接著是鄭經一舉得男的消息送到，但鄭成功還來不及高興，隨即得知：這長孫是鄭經與幼子的乳母婚外情的產物。
若以後見之明來看，這也很可能是壓垮「國姓爺」的最後一根稻草。在這一連串打擊後，來到臺灣還沒多久的鄭成功，就離開了人世。這座島嶼，成為了他的埋骨之處。
鄭成功之死，對臺灣造成了什麼影響？
就在他屍骨未寒之際，他的弟弟鄭襲與長子鄭經，分別在東都明京和思明州宣告接班。換句話說，鄭氏家族的內部開始分裂。接著鄭經發兵東都，鬥倒叔父，又返回思明州，直到一六六四年，不再能夠掌控福建沿海的島嶼，才又回到臺灣。在那之後，能夠「反攻大陸」的希望已經越來越渺茫。
鄭氏政權的版圖
回過頭看，鄭氏政權勢力所及的地理範圍，自始至終都和我們今天所認知的「臺灣」有很大一段差距。鄭成功下令實施「屯墾」的範圍，北至噶瑪蘭（今宜蘭一帶），南至瑯嶠（今屏東縣恆春鎮）。
一六六四年三月，鄭經將手下的所有軍隊帶到臺灣，在父親當家時所建立的基礎上，持續推行「寓兵於農」；不過，大肚地區的拍布拉（Papora）族人和瑯嶠地區的族人，對於唐山人的活動並不感到欣然，時常與踏上傳統領域的鄭軍發生激烈衝突。
在既有住民的反對下，鄭氏所派出的士兵，並沒有辦法「如入無人之境」。不管今日全台各地的鄭成功神話有多麼活靈活現，鄭氏政權實際控制的範圍，大約是北至二林（今彰化縣二林鎮）、南到茄藤（今屏東縣佳冬鄉），也有人說範圍其實更小。
不過，鄭軍的幾度征伐，也使荷蘭時代維持半獨立狀態、由臺灣中部一、二十個聚落聯合組成的「大肚王國」逐漸瓦解、沒落。
鄭氏政權與清政府
回顧鄭氏家族的所作所為，除了打著「奉明正朔」的政治旗幟，以海上商盜集團起家的他們，始終未將眼光轉離海洋。
鄭經和他的父親都嘗試「反攻大陸」，康熙時代的三藩起事，也有鄭氏家族參與的記錄，但都功敗垂成。他們也曾經想要進攻呂宋，以求家業穩固。另外，清政府的海禁政策，反而促成他們對海上貿易的壟斷。
一六八三年，原本曾經在鄭氏集團服務的施琅，登陸臺灣接受鄭克塽的投降後，上疏朝廷，詢問要「棄台」抑或要「留台」；康熙皇帝對臺灣不是很感興趣，將棄留交付相關大臣去討論，而施琅以外的大臣，大多不認為有必要將臺灣納入版圖。
為何如此？綜合大家的意見：一來，臺灣本非中國的一部分；二來，若說要增加新領土，進駐臺灣必須耗費相當多的成本，在當時的北京官員看來，一點也不划算。然而施琅終究以臺灣是好地方、放棄臺灣出大亂子等作為論述，最終說服了康熙皇帝，臺灣從此成為清帝國的領土。
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