黃昆輝擔任主委期間，海基會董事長為辜振甫，一九九三年海基會與海協會兩會領導人的「辜汪會談」，被視為兩岸重要的一次交手。
黃昆輝指出，海基會當時存在有其時空背景之需要，但是現在台灣和中國發展進入官方對官方的階段，雙方各部會官員上談判桌協商已司空見慣，早無白手套存在的必要，應直接官方互動，廢除海基會。
他更說，海基會過去只有在陸委會授權下才能和中國接觸，以往海基會董事長和中國海協會長見面是何等大事，辜汪會談都是國際注目，不輕易舉行的，只要見面都有重大的意義。
馬上台後 成國共權貴利益輸送黑箱
然而，黃昆輝抨擊，馬英九上台後，從海基會前董事長江丙坤開始，二○○八至二○一二年進行了八次會談。不只是正式的會談，江丙坤以和台商交流為名前住中國；現任海基會董事長林中森則更頻繁，除了正式的兩會會面之外，幾乎每個月都有赴中國的行程。藉民團保護傘 海基會規避國會監督
他批評，這些以交流及會晤台商之名的行程，到底在中國和那些官員接觸、談些什麼？都因海基會可以在「民間」團體的保護傘下，不受國會及輿論監督。黃 批評，海基會和過去相較早就「變質」、「脫軌」，身分及功能萎縮也就罷了，還迴避國會監督，淪為國民黨政商權貴和中國利益交換的管道，成為中國在台的「買 辦」。黃說，海基會美其名說是為台商服務，實為國民黨高官權貴建立關係、謀取私利，在各種經貿開放上，為特定財團謀利。海基會是台灣與中國權貴利益輸送最 大的黑箱，一定要廢掉。
from 自由時報 http://news.ltn.com.tw/news/politics/paper/822752
