根据《公报》，全国水环境质量不容乐观，长江、黄河、珠江、松花江、淮河、海河、辽河、浙闽片河流、西南诸河和西北诸河等十大流域的国控断面中，Ⅰ～Ⅲ类、Ⅳ～Ⅴ类和劣Ⅴ类水质的断面比例分别为68.9%、20.9%和10.2%。珠江流域、西南诸河和西北诸河水质优，长江和浙闽片河流水质良好，黄河、松花江、淮河和辽河为轻度污染，海河为中度污染。在监测的60个湖泊(水库)中，富营养化状态的湖泊(水库)占25.0%，其中，轻度富营养状态和中度富营养状态的湖泊(水库)比例分别为18.3%和6.7%。在198个城市4929个地下水监测点位中，优良-良好-较好水质的监测点比例为42.7%，较差-极差水质的监测点比例为57.3%。
《公报》显示，全国近岸海域水质总体一般，一、二类海水点位比例为69.4%，三、四类海水点位比例为12.0%，劣四类海水点位比例为18.6%。四大海区中，黄海和南海近岸海域水质良好，渤海近岸海域水质一般，东海近岸海域水质极差。9个重要海湾中，黄河口水质优，北部湾水质良好，胶州湾、辽东湾和闽江口水质差，渤海湾、长江口、杭州湾和珠江口水质极差。
报告同时指出，2012年，全国废水排放总量为684.6亿吨，化学需氧量排放总量为2423.7万吨，与上年相比下降3.05%；氨氮排放总量为253.6万吨，与上年相比下降2.62%。FMN
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