由于领土争端多数只涉及两个国家，具体情况又千差万别，因此国际社会没有制定领土变更的法律规则和程序。国际法院在裁决领土争端案件时也没有具体的法律条款作为依据。
国际法院依据何种标准作出领土争端裁决，《国际法院规约》作出了规定，该公约第38条规定，国际法院裁判时适用的国际法规范有：(1)条约;(2)国际习惯;(3)一般法律原则;(4)司法判例及各国权威最高之公法学家学说，作为确定法律原则之补助资料;(5)经当事国同意本“公允及善良”原则裁判案件。这一规定通常被认为是国际法渊源的权威表述，但它的适用从来都是一个复杂问题。
通过半个多世纪的实践，在裁决领土争端时，国际法院基本上遵循这样一个原则：首先考察国际条约是否对相关问题作出了规定，在没有相关国际条约规定的情况下，法院将在综合审查双方提交的证据之后，依据依法占领和有效控制的原则进行裁决。
当事国之间的条约
几乎所有的领土争端案件都涉及不同时期、具有不同法律地位的条约。确定争端地区是否存在有效的国际条约是一件基础性的工作。如果能够确定有关国际条约的法律效力，明确条约用语的含义，法院即可据此条约作出裁决。
国际法院裁决领土争端首先会考虑相关的公约，这也符合国际习惯法“条约必须遵守”的原则。该原则主要是指缔约国对于一项合法有效的条约有义务善意地履行和遵守。善意是缔约国履行条约的首要因素。善意履行要求善意解释条约，并且公正地、适当地、诚实地履行条约。
在国际法院已经审结的案件中，“利比亚和乍得边界争端案”、“隆端寺案”以及“喀麦隆和尼日利亚陆地和海洋疆界案”分别是国际法院适用“条约必须遵守”原则解决领土争端的典型案例。该原则的优先适用是因为法院的判决可以有据可依，如果两国间有条约可循，则判决对双方而言都可以接受，因而被优先适用。
隆端寺案的争议焦点在于，根据1904年暹罗(当时泰国称为暹罗)和法国(当时柬埔寨是法国的保护地)之间的边界条约，两国的边界应该以分水岭为界。如果严格按照分水岭原则，隆端高地应该在泰国一边，但后来绘制的该地区的边界地图，整个隆端高地却被标在了柬埔寨一边。该地图作为附件，成国两国1907年缔结的边界条约的组成部分，暹罗当时并未提出异议，后发现地图有误又提出主张。
1953年，柬埔寨政府于1959年9月30日向国际法院提起诉讼。国际法院于1962年6月15日作出判决，确认隆端古寺的主权属于柬埔寨。判决作出后，国际法院的官方文件宣称泰国服从了国际法院判决。然而，泰国虽在国际法院作出判决后撤回了军队，但保留收回隆端古寺的权利。
国际法院认定，泰国接受了地图线作为两国边界线，泰国不得反悔，即使地图线与条约规定不符也不影响地图和地图线的效力，进而作出了有利于柬埔寨的判决。
“条约必须遵守”也就意味着“禁止反言”。禁止反言要求：不允许一方当事人通过违背其先前所作允诺的行为而造成对另一方当事人权益的损害。当事人必须言行一致。国家对外对某一特定事项所做出的声明、条约、换文、承诺等，对其本国具有法律约束，当事国应对这些行为负起责任，不得事后推翻原有之主张。
依法占有原则
在缺乏国际条约明确规定的情况下，依法占有原则是国际法院在解决领土争端时优先适用的原则，尤其适合于解决前殖民地国家之间的领土争端。依法占有原则是一种在以前殖民地(或保护国、托管地)行政边界的基础上确定新独立国家边界的领土变更方式。除非有关殖民国家达成了其他协议，实现自决不应该改变独立时的既存边界。
“无主地”和“有效统治”是这一原则的两个基本要素，对于“有效统治”，国际法院指出应该“持续而平稳地行使国家权力”。“平稳”就是指占领没有受到反对(包括当地人和其他国家)。该原则基于对领土现状的保护，不会因轻易改变领土的归属危及国际和平和安全。
2001年3月，地处波斯湾的卡塔尔和巴林都宣布全国放假，以庆祝两国间持续70年的领土争端通过海牙国际法庭的裁决得以最终解决。国际法庭对困扰卡巴两国的领土争端案作出了最终裁决，巴林对位于卡巴两国间波斯湾的海瓦尔岛拥有主权，卡塔尔对卡塔尔半岛北部的祖巴拉岛和加南岛拥有主权。
巴林是波斯湾中南部的一个岛国，卡塔尔是卡塔尔半岛南部的一个国家。两国东西部接壤、北部相对，因此这个案件就涉及到两国的大陆架和专属经济区的划分。
当时卡塔尔在诉讼中要求国际法院对整个海域单一分界线进行划分，国际法院认为两国海域的南部是接壤的，而两国的领海是重叠的。两国的领海总共24海里，但许多地区没有超过24海里，所以大部分都是重叠的。因此南部存在一个划分领海的问题，不存在划分经济区的问题，而北部存在划分经济区的问题。
海牙国际法庭于2000年5月29日开始听取双方诉讼，并通过长达近10个月的公开听证后，终于在2001年3月16日就此问题作出裁决。
有效控制原则
“有效控制”原则是指，国际法院在权衡诉讼双方提出的进行了有效统治的证据之后，将有争议的领土判给相对来说进行统治更为有效的一方。有效控制必须具备两个条件“实施和继续实施控制行为的意愿”和“实际展示控制目的的行为”。
国家一定要以自己的名义不断对有争端的领土提出抗议，必要时还需要作出较大的动作，否则被视为是默认。有效控制原则，不仅需要符合领土刚取得时的国际法规则，在争议产生以前，还要一直符合发生变化的国际法规则。
国际法院援引有效控制原则的典型的案件就是印度尼西亚诉马来西亚。1998年11月2日，印度尼西亚和马来西亚共同通知国际法院，两国曾于1997年5月31日在吉隆坡就西里伯斯海上两岛，即利吉丹岛和西巴丹岛主权的争议签署了一项《特别协定》，并于1998年5月14日生效。
当事国双方在《特别协定》中请国际法院“根据条约、协定和当事国双方提供的任何其他证据，确定利吉丹岛和西巴丹岛的主权属于印度尼西亚共和国，还是属于马来西亚”。双方当事国分别在法院或法院院长确定或展期的1999年11月2日、2000年8月2日和2001年3月2日时限内递交了诉状、辩诉状和答辩状。关于案情实质的公开听讯于2002年6月3日至12日举行。
2002年12月17日，法院就案件的实质作出判决，判决的执行部分如下：“因此，法院，以16票对1票，裁决利吉丹岛和西巴丹岛的主权属于马来西亚。
国际法院在裁决中指出，对于像利吉丹岛和西巴丹岛这样的无人居住或无人永久居住、且经济价值不大的争议地区，建立完善的行政机构进行有效控制通常很少见，因此，马来西亚在这些岛屿上所进行的控制和管理收集龟蛋、保护鸟类的、修建和维护灯塔和航行辅助物等措施，就足以构成实际控制。因此，印尼的主张不能得到支持。
from 网易新闻·有态度专栏 http://news.163.com/%E9%80%9A%E8%BF%87%E5%8D%8A%E4%B8%AA%E5%A4%9A%E4%B8%96%E7%BA%AA%E7%9A%84%E5%AE%9E%E8%B7%B5%EF%BC%8C%E5%9C%A8%E8%A3%81%E5%86%B3%E9%A2%86%E5%9C%9F%E4%BA%89%E7%AB%AF%E6%97%B6%EF%BC%8C%E5%9B%BD%E9%99%85%E6%B3%95%E9%99%A2%E5%9F%BA%E6%9C%AC%E4%B8%8A%E9%81%B5%E5%BE%AA%E8%BF%99%E6%A0%B7%E4%B8%80%E4%B8%AA%E5%8E%9F%E5%88%99%EF%BC%9A%E9%A6%96%E5%85%88%E8%80%83%E5%AF%9F%E5%9B%BD%E9%99%85%E6%9D%A1%E7%BA%A6%E6%98%AF%E5%90%A6%E5%AF%B9%E7%9B%B8%E5%85%B3%E9%97%AE%E9%A2%98%E4%BD%9C%E5%87%BA%E8%A7%84%E5%AE%9A%EF%BC%8C%E5%9C%A8%E6%97%A0%E7%9B%B8%E5%85%B3%E5%9B%BD%E9%99%85%E6%9D%A1%E7%BA%A6%E6%83%85%E5%86%B5%E4%B8%8B%EF%BC%8C%E6%B3%95%E9%99%A2%E5%B0%86%E5%9C%A8%E7%BB%BC%E5%90%88%E5%AE%A1%E6%9F%A5%E5%8F%8C%E6%96%B9%E6%8F%90%E4%BA%A4%E7%9A%84%E8%AF%81%E6%8D%AE%E5%90%8E%EF%BC%8C%E4%BE%9D%E6%8D%AE%E4%BE%9D%E6%B3%95%E5%8D%A0%E9%A2%86%E5%92%8C%E6%9C%89%E6%95%88%E6%8E%A7%E5%88%B6%E7%9A%84%E5%8E%9F%E5%88%99%E8%BF%9B%E8%A1%8C%E8%A3%81%E5%86%B3%E3%80%82
