因為缺乏文字材料，南海的上古歷史我們只能根據科學和人類學研究而確定。根據古生物學和分子遺傳學的研究而總結的“走出非洲”理論（Out of Africa Theory）是最為科學家接受的理論。根據這個理論，智人（Homo sapiens）即現代人大概在20萬年前到15萬年前在東非演化形成。智人在大約12萬年前開始走出非洲的嘗試，但是到了6萬年前左右才真正成功地走出非洲。在智人之前，已經有其他的人科物種更早地從非洲擴散到其他大陸，比如直立人（Homo erectus）和尼安德特人（Homo neanderthalensis），這些早期人類被後來的智人所消滅和取代。因此，現存的人類都是這支形成於20萬年前的智人的後代（儘管有科學家認為現代人的基因庫中有極少量其他人種的基因，這尚有爭議）。
從非洲到達南海一帶的智人有兩批[1]， 我們分別稱為早亞洲人和晚亞洲人。早亞洲人沿著西亞到南亞到東南亞直到大洋洲的海岸線擴散，大約在6萬年前到達東南亞及大洋洲（在冰期，很多東南亞島嶼都 和大陸相連或者僅僅被淺水所分隔）。他們的男性Y染色體為D型，膚色偏黑色，最終形成了現在東南亞主體人種南島民族和澳大利亞的原住民（棕色人種）。南島 民族分佈廣泛，其範圍大致為越南南部、馬來西亞、印尼、菲律賓、臺灣、新幾內亞、馬達加斯加和南太平洋島嶼。
第二批移民大約在3萬年前再 次從東非遷出，他們的遷徙路線是沿著內陸到達青藏高原東南部，印度東北、緬甸北部乃至雲南南部一帶。這批移民Y染色體為O型，膚色為黃色，和早亞洲人有很 大的差異。他們從青藏高原東南部分為兩支繼續遷移。一支南下到達印度支那半島（老撾、越南一帶），再從那裡遷徙到現在中國南方兩廣海南福建等地，這支人種 成為了“百越”族。
另外一支則北上發展，他們先進入湖廣即為後來的苗族；一部分人繼續北上進入河套平原，再向中原擴散，成為了羌族和漢族；還有一部分人轉往西面，形成現在的藏族。
可 見，最早到達南海的人是現在東南亞各國、包括越南（南部）、馬來西亞、文萊和菲律賓的先民。其次到達南海的人是百越人，以百越人後裔為主體民族的國家現在 就只有越南、老撾和泰國。百越人的其他後裔還分佈在中國、緬甸和印度。而中國的主體民族漢人開始到達南海是很晚的事，要等到秦朝統一之後（公元前214 年）。
當然，這些上古時期的民族的遷移並不能直接構成主權的理據。但是這並不妨礙我們利用這些知識來真正構建南海歷史和重新審視有關南海 的一些論點。比如，誰最先發現了南海？無疑，最先發現南海的是早亞洲人，即現代南島民族的先民。它們早在漢人到達南海幾萬年前就已經在南海沿岸生活了。其 次到達南海的人是現在越南人的先祖百越人。因而，南海“自古以來”並不僅僅是中國人活動的地方，而是包括所有環南海地區民族生活的地方。而中國人，指主體 民族漢人，其實不過是一個後來者。
[1] 李辉、金力《重建东亚人类的族谱》，《科学人中文版》2008年8月，78期，35页
from 黎蝸藤的歷史博客 http://dddnibelungen.blogspot.com/2014/11/blog-post_15.html
