草案列明，如果香港法律和港版《國安法》不一致，則適用《國安法》的規定，法例解釋權屬於全國人大常委會， 而在香港審理國安案件時，香港特首將指定負責處理的法官。
中國人大常委會將在6月28日至30日再次召開會議，官方消息並未提及將在此次會議上表決港區國安法。但中國《環球時報》引述消息稱，涉港國安立法事宜很大機會被列入議程，如果人大常委對草案意見一致，不排除月底即將交付表決，意味該法7月初或可生效。
香港法律界對草案表達了憂慮，有學者認為，今次港版《國安法》的內容，令香港司法制度出現「戲劇性變化」，讓中央能夠以「從未想過的方式」操控香港。
但香港建制派人士認為，港版《國安法》已經充分平衡「一國」和「兩制」，並沒有想象般嚴苛，有利解決香港出現的國家安全風險。
BBC中文總結了目前引發爭議的五大問題。
- .「特定情形」的「極少數」案件管轄權
香港版《國安法》草案初步訂明中國中央政府將在香港設立駐港國安公署，在「特定情形下」對「極少數」國安案件行使管轄權，目前並沒有清楚定義何謂「特定情形」，亦沒有交代「管轄權」牽涉的範圍。
香港法律界和政界擔心，這可能涉及跨境執法和司法。香港大學法律學院公法講座教授陳文敏關注中央的管轄權是否包括偵查、封屋、拘捕、審案、判決等，如管轄權包括這些權力，是否代表當案件被視為「特定情形」時，該人已「突然進入中國司法制度，不知有何權利保障」。
香港民主黨立法會議員涂謹申認為，一旦容許中央對國安案件有管轄權，「就等同打開缺口」，令本港失去「一國兩制」。他說中央政府視國家安全凌駕一切，即使條文規範「極少數」個案，「最終都是任由中央演繹」。
港大法律學者陳弘毅認為，法案應對於「特定情形」有比較明確的界定，而且範圍應非常狹窄，「如涉及涉嫌犯罪人被移交內地，其程序上的保障必須是充分的」。
中國全國人大常委譚耀宗被香港媒體問到會否把疑犯送往大陸受審時表示，若果情況失控，少數案件會引渡到大陸受審，認為這是中央的一個選項，視乎中央如何行使管轄權，不過他認為，絶大部分國安案件由香港特區負責執法及司法工作，而中央行使「管轄權」的程序，應該是由香港特首提出，再經中央批准，其主導權在特首手上。
基本法委員會前副主任兼香港前律政司司長梁愛詩認為，暫時未清楚什麼是「特定情形」，但如果案件涉及特首或香港主要官員，又或是一些涉及「疆獨」、「藏獨」、「香港不熟悉的國際事件」等等，則會由中央處理案件。
2. 新增駐港國安公署和顧問
根據公布的法律草案，北京將會設立「駐港國安公署」，其職責為：「分析研判香港特別行政區維護國家安全形勢，就維護國家安全重大戰略和重要政策提出意見和建議；監督、指導、協調、支持香港特別行政區履行維護國家安全的職責；收集分析國家安全情報信息；依法辦理危害國家安全犯罪案件。」同時，中央會指派一名國家安全事務顧問，為香港設立的國安委員會提供意見。
中國全國人大常委譚耀宗表明，公署是人大常委授權在港設立的機構，並非《基本法》22條中所指的「中央所屬各部門」，即是不受「不干預香港特區」的條文規管。
《基本法》22條原本訂明，「中央人民政府所屬各部門、各省、自治區、直轄市均不得干預香港特別行政區根據本法自行管理的事務」，港府以往把中聯辦、港澳辦當成「中央所屬部門」，但在近期則澄清兩辦代表中央，不受22條規管。
香港大學法律學者陳文敏評論說，這種說法等同認為公署可「直接干預香港問題」，是「凌駕於香港的組織」，「可以指指點點香港政府如何做事，幾乎由他們管治」。
香港大律師公會副主席葉巧琦擔心，駐港國安公署地位似「超然」，「有什麼可以監管它？（公署）又有司法、執法權，關係到你我的人身自由，是否不需要守香港法律？」
她又認為，中央指派的國家安全事務顧問，如果在案件中提供意見，可能會影響律政司的司法獨立的刑事檢控程序。
香港民主黨立法會議員涂謹申認為，「顧問」代表中央，猶如大陸由政法委書記指導國家安全的工作，是「最高權威」的「太上皇」，相信一旦干預某些決定，港府「最後一定要聽他說」。
香港前律政司司長梁愛詩認為，這名國安顧問不是「太上皇」，並非擁有「無限權威」，如顧問提供的意見不適用，委員會未必一定採納，強調委員會顧問不可以直接行使權力。
3. 《國安法》會不會凌駕《基本法》
新華社的香港版《國安法》草案提到，香港本地法律若與港區《國安法》不一致，則《國安法》的規定適用，而該法的解釋權屬全國人大常委會。
全國人大常委譚耀宗表明，港區《國安法》是中央立法，放進《基本法》附件三，與香港本地法律層次不同，對本地法律有凌駕性。
香港大學法律學院首席講師張達明擔心日後即使港區國安法與《香港人權法案條例》有牴觸，香港法庭都不能裁定條文違憲。港大法律學者陳文敏稱，香港法院審理有關案件時，無可避免會涉及法例解釋的問題，但法院似乎未見有最終解釋權，需要由人大釋法。
親北京的香港執業律師鄭國傑則認為，即使有人權法保障個人自由，條文也會受到保障國家安全的限制。香港資深大律師湯家驊說，人大法工委在說明中，已提到港府要依法保障居民受《國際人權公約》下享有的權利和自由，認為港區《國安法》不會高於或凌駕基本法。
4. 國安案件由香港特首指定法官
根據新華社發佈的草案，香港特首未來會擔任香港的「維護國家安全委員會」主席，並有權指派法官審理國安案件。
香港大律師公會副主席葉巧琦認為，特首可以指定法官去審理國安案件的做法是「聞所未聞」，批評「完全是行政干預司法」，情況令人憂慮，「提訴的是香港特區政府，現在居然是特區政府告一名被告時，是由特區政府首長行政長官去指派法官審理？」
大律師公會主席戴啟思認為，這種做法並不尋常，觸及香港司法獨立的核心，形容是香港主權移交以來的最大轉變，他指出，特首未來同時會是「維護國家安全委員會」主席，由特首任命法官會涉及利益衝突，預料衍生許多問題。
陳文敏接受香港媒體訪問時質問，特首會按什麼凖則挑選法官，「是否因國籍、忠誠度？還是查了三四代，認為法官信得過？」
在香港的法律制度中，案件由哪個法官審理是由該層級法院的首席法官決定，並非由特首負責，就算部分案件需要由特首委任，特首一般也需要按終審法院首席法官的建議去委任合資格法官。在任命香港終審法院首席法官的事宜上，特首可以按法定獨立的「司法人員推薦委員會」的建議作出任命，再徵得立法會同意下決定。這種關係是基於香港奉行的「三權分立」的原則。
有分析認為，這種做法是要避免外籍法官審理國家安全等敏感案件。中國全國港澳研究會理事、香港法學交流基金會高級顧問顧敏康接受中國官媒《環球時報》訪問時稱，中央將任命法官的權力賦予特首，可確保審理國安案件的法官「尊重國家安全，具備愛國情懷，有意志和能力履行特區維護國家安全的義務」，「或許比直接禁止外籍法官審理國安案件更具備有效性」。
香港律師會前會長、港區全國政協委員蘇紹聰則認為，《國安法》屬於國家層面的事，案件很多時涉及國家機密，如由特首指派法官去行使參與權，他認為是非常合理。
5. 罪名定義含糊
根據中國人大有關港版《國安法》的說明，草案明確規定四類危害國家安全的罪行和處罰，包括分裂國家罪、顛覆國家政權罪、恐怖活動罪、勾結外國或者境外勢力危害國家安全罪。
不過草案沒有交代違法的罰則，全國人大常委譚耀宗稱，監禁刑期由三年至十年不等。
香港大學法律系退休教授、美國法學家戴大為（Michael Davis）接受美國媒體訪問時認為，有關草案的犯罪定義語意含糊，法院能夠推翻的機會很微，他認為，草案中有關「勾結外國或者境外勢力」的條文，有可能會被用作拘捕及控告為外國政府和機構工作的港人。
普通法並沒有針對「勾結」一字的釋義，香港律政司司長鄭若驊早前被問到如何定義「勾結」一字時表示，要留待法律條文出台才能回應。
而美國紐約大學法學院教授、中國法專家孔傑榮（Jerome Cohen）亦表示，港區《國安法》令香港司法制度出現「戲劇性變化」，讓中央能夠以「從未想過的方式」操控香港。
他接受英國《衛報》訪問時指，草案並沒有觸及一些關鍵問題，例如被控人士是否會送往大陸審訊，「國家安全罪行」的定義是什麼，以及特首會以什麼凖則委派法官等等，他認為，這跡象顯示北京領導層在面對這敏感困難議題，仍存在不確定因素和意見分歧。
目前人大官方文件中，並沒有明確指出港版《國安法》會否設有追溯期，香港民主派擔心這會成為日後讓當局「任意解釋的後門」，例如專門舉辦「六四晚會」的支聯會，則擔心法例通過後，會追究他們在「六四晚會」表達「結束一黨專政」的立場。
香港律政司司長鄭若驊早前已表明，一般而言新法例不會有追溯期，「每件事都有例外」。全國人大常委譚耀宗說，港版《國安法》很大機會不設追溯期，但親北京的香港法律界人士鄭國傑認為，港區《國安法》應該具備追溯力，因為過去一年有很多涉及危害國家安全的犯罪者，他們引發了「激進暴力恐怖活動」以及「公開請求外國對國家和香港進行制裁」，嚴重危害國家主權，因此，有必要採取有力措施依法予以懲治和制止。
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