中国多个科研机构最近发表文章，指在93个病毒样本中，发现所有与华南海鲜市场样本都是单倍型H1（基因类型），而武汉发现的另一种H3样本则与市场无关，估计病毒起源并非华南海鲜市场，而是首名感染者接触市场人士，病毒再于市场内迅速传播。研究又发现，病毒曾在去年12月8日及今年1月6日大爆发，估计病毒在去年11月已开始人传人，而在元旦假期再次爆发。
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财新网引述由中国科学院西双版纳热带植物园、华南农大、中国脑科学研究所等机构的研究人员共同发表的文章报道，指病毒是从其他地方传入武汉华南海鲜市场，再在拥挤的市场促进其传播。
文章指出，研究人员收集了全世界共享到GISAID数据库的病毒数据，包括四大洲12个国家的93个新冠病毒样本。通过全基因组数据解析，研究人员发现所有样本包含58种单倍型（基因类型），其中与华南海鲜市场有关联的患者都是属于“古老超级传播者”的单倍型H1，及衍生的单倍型H2及H8至H12，显示市场内曾短期内存在传播感染。
值得留意的是，其中一份武汉样本单倍型H3亦属于“古老超级传播者”，但样本与华南海鲜市场无关，研究人员估计市场的发现单倍型H1是源自单倍型H3，亦即是华南海鲜市场不是病毒起源，而是从其他地方输入。
研究人员估计，首名感染病人与市场无关，感染者可能将病毒传给市场上的工人或卖家，再迅速在市场上流通，并在去年12月开始传播。
研究又发现，病毒在2月12日前发生过2次明显的种群扩张，早期扩张发生在12月8日，近期扩张在1月6日。文章解释，较早的一次扩张暗示病毒可能在12月初，甚至11月下旬即已经开始有人际传播，随后在华南海鲜市场加快了人际传播；1月6日的扩张可能与元旦假期有关，因及后中国发布二级应急响应，令公众活动和出行都有所减少，令1月份中下旬的病例有所降低。
另一个“超级传播者”单倍型H56样本，同时在澳洲、法国和美国，以及台湾患者均发现相同基因，其他的患者感染来源则比较单一，除了是武汉旅游输入或在武汉感染外，部份人可能是在广东、新加坡等地被感染。
此外，研究人员发现病毒基因组没有发生明显的重组事件。
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